广州医科大学非学历教育工作以服务社会为宗旨，承担了广东省卫生健康委、广东省教育厅、广州市卫生健康委、广州市教育局等机构批准的行业性培训工作。

学校承担广东省全科医学教育培训中心日常事务，负责全科医学培训工作的规划和统筹。2003年以来，先后在广东省建立了全科医学理论培训基地28个，临床培训基地260个，社区培训基地380个。2008年，率先在广东省试行开展5+3全科医师规范化培训，为我国全科医师培训制度的建立提供了宝贵的实践经验。2022年，学校被广东省教育厅评为“全科医学继续教育示范基地”。多年来，累计为广东省培养全科师资8615人次，培训全科医师17007人次，培训社区护士14147人次。